La SAMIGE se constituyó el 16 de marzo de 2004 como una institución sin fines de lucro con el fin de agrupar a todos aquellos científicos que desarrollan ciencia básica y aplicada en el área de la Microbiología en el territorio de la República Argentina, favoreciendo la formación de recursos humanos y el intercambio de información y materiales.

Desde su creación, SAMIGE organiza reuniones anuales centradas en la presentación de trabajos de investigación básica y aplicaciones biotecnológicas. Estas reuniones han actuado como disparadores para fomentar la interacción entre científicos, así como el establecimiento de nuevas líneas de investigación. La participación de reconocidos científicos, tanto del país como del exterior, ha permitido el contacto directo con los avances más significativos en el campo así como la divulgación de las tendencias en curso que caracterizan esta disciplina. La Sociedad ha organizado 18 reuniones entre 2004 y 2021, contando un número creciente de participantes.

Desde 2020 se desarrollan seminarios virtuales de frecuencia mensual, donde destacados investigadores nacionales y extranjeros disertan sobre sus más recientes hallazgos.

SAMIGE tiene convenios de colaboración con la Asociación Argentina de Microbiología (AAM), la Sociedad de Microbiología de Chile (SOMICH) y la Sociedad Uruguaya de Microbiología (SUM).