El Área de Microbiología Molecular y Fisiología incluye aquellas investigaciones que conduzcan a la comprensión de los principios moleculares que subyacen a los procesos fisiológicos básicos, los mecanismos y las funciones biológicas de los microorganismos. Se trata así de un área estrechamente relacionada con los campos de la bioquímica, la genética, la biología celular y las ciencias ómicas que abarca consecuentemente al resto de las áreas de la microbiología, desde la investigación básica hasta la traslacional.